Ama ne yazık ki Mogao Mağaraları'nda, Çin'in yakın çağının en üzücü ve en ciddi boyuttaki tarihi eserler kaybı yaşanmıştır..
Mogao Mağaraları'nda 1900 yılında kitapların saklandığı bir mağara bulundu ve buraya “Budizm kitaplarının saklandığı mağara” adı verildi. Genişliği ve uzunluğu üçer metre olan bu gizli ve küçük mağarada, Budizm kitapları, tarihi kitaplar, nakışlı kumaşlar, resimler ve Buda figürlerinin bulunduğu ipekli kumaşlar gibi az bulunan ve çok değerli olan 50 binden fazla tarihi eser korunmuştu. 4. ve 11. yüzyıla ait bu tarihi eserler, Çin, Orta Asya, Güney Asya ve Avrupa ülkelerinin tarihi, coğrafi, siyasi, milli, askeri ve dilbilimle ilgili yazıları, edebiyatı, sanatı, dini, tıp ve ilaç, bilim ve teknoloji de dahil hemen hemen tüm alanları kapsıyordu. Bu eserler, bundan dolayı, “Eski ve Orta Çağların Ansiklopedisi” olarak adlandırıldı.
“Budizm kitaplarının saklandığı mağara”nın bulunmasından sonra, dünya ülkelerinin “maceracıları” buraya akın etti. Bu kişiler 20 yıl içinde Mogao Mağaraları'ndan yaklaşık 40 bin cilt Budizm kitabını, birçok değerli duvar resmini ve heykeli çaldı. Mogao büyük bir felaket yaşadı. Şimdi İngiltere, Fransa, Rusya, Hindistan, Almanya, Danimarka, İsveç, Kore Cumhuriyeti, Finlandiya ve ABD'de Mogao tarihi eserleri bulunuyor. Bu ülkelerdeki eserlerin sayısı, tümünün üçte ikisini oluşturur.
“Budizm kitaplarının saklandığı mağara”nın bulunmasıyla, birçok Çinli bilimadamı, Dunhuang edebiyatını araştırmaya başladı. 1910 yılında Çin'de Dunhuang edebiyatını araştıran özel kitaplar yayınlandı. Onlarca yıldır çeşitli ülkelerin bilimadamları, Dunhuang sanatına büyük ilgi gösteriyor ve araştırmalar yapıyor. Çinli bilimadamları bu konuda en büyük etkiye sahipler ve çok ilginç araştırma sonuçları elde ettiler.
Çin kültürünün hazinesi olarak tanımlanan Dunhuang Mogao Mağaraları'nın korunma çalışmalarına Çin hükümeti tarafından büyük önem veriliyor. Dünyanın dört yanından Mogao Mağaraları'nı ziyaret eden turistlerin sayısı giderek artıyor. Tarihi eserleri korumak için Çin hükümeti, Mogao Mağaraları'nın karşısındaki Sanwei Dağı eteğinde Dunhuang Sanat Eserleri Sergi Merkezi'ni kurdu. Burada ziyaretçiler için taklit mağaralar oluşturuldu.
Çin hükümeti, son yıllarda dijital teknolojiyle “Sanal Mogao Mağaraları”nın kurulması için 200 milyon yuan ayırdı. Alınan bilgiye göre, sanal Mogao mağaralarına giren ziyaretçiler, kendilerini asıl Mogao Mağaraları'na girmiş gibi hissedebilecek ve mağaralardaki yapıları, renkli boyalı heykelleri ve duvar resimlerini net şekilde görebilecek. Uzmanlar, “Sanal Mogao Mağaraları”nın kurulmasının, duvar resimlerinin bozulmasını önlemekle kalmayıp, Dunhuang kültürel varlıklarının ve Mogao Mağaraları'nın tarihi eserlerinin korunmasını da sağlayacağı görüşünde.