Xinjiang, 2 bin yıldan fazla bir süre öncesinden bugüne kadar hep birleşik ve çok etnik gruplu Çin devletinin bir parçası olmuştur. M.Ö 60 yılında Han İmparatorluğu yönetiminin Batı Bölgeleri Komutanlığı'nı kurmasıyla Xinjiang, Batı Han hanedanının doğrudan yönetimi altına girdi. Batı Bölgeleri, bugünkü Balkaş Gölü ve Pamirler'i kapsıyordu. Bunu izleyen 1000 yıldan fazla sürede Xinjiang, Çin merkezi yönetimine hep bağımlı kalmış, merkezi hükümetin kurduğu idari organlar tarafından yönetilmişti.
Bundan 300 yıl öncesindeki Qing hanedanı döneminde merkezi hükümet, Xinjiang'ın İli bölgesine bağlı Huiyuan şehrinde tüm Xinjiang bölgesini yönetmekle görevli İli Komutanlığı'nı kurdu. Xinjiang'ın 1884 yılında bir eyalet haline dönüştürülmesi ise bölgenin Çin'in iç kesiminde yer alan diğer eyaletlerle olan bağlantılarını daha da güçlendirdi.
Eylül 1949'da Xinjiang'ın barışçı kurtuluşu ilan edildi. 1 Ekim 1949'da Çin Halk Cumhuriyeti'nin kurulmasından sonra Xinjiang, Çin'in diğer eyaletleriyle eşit statüye ve aynı zamanda etnik özerklik hakkına sahip olan eyalet düzeyindeki idari bölge haline dönüştürüldü.