Dünyaca bilinen Pekin Adamı'nın fosilleri, kayboluşundan önce Beijing'deki Xiehe Hastanesi'nde saklanıyordu.
Pasifik Savaşı'nın patlak vermesinden kısa süre önce, Pekin Adamı'nın fosilleri üzerinde araştırma yapan tanınmış Çinli antropolog Wei Dunrui, Xiehe Hastanesi'nin artık güvenli olmadığını düşünerek Pekin Adamı'nın fosillerinin ABD'ye gönderilmesini önerdi. Pearl Harbour olayının üç hafta öncesinde Xiehe Hastanesi'nin idare şefi Bo Wen, bu fosillerin paketlenip kutulara konulması kararını açıkladı. Pekin Adamı'nın fosilleri arasında yer alan beş kafatası, 15 kırık kafatası parçası, 14 çene kemiği, köprücük, bacak ve kol kemikleri ile dişler gibi 147 parça fosil, Beijing'deki ABD Büyükelçiliği'ne taşındı. Amaç, ABD donanmasına ait bir gemiyle ABD'ye gönderilmesiydi. Ancak bundan sonra, dünyaca bilinen ve paha biçilmez bu fosiller, esrarengiz bir şekilde kayboldu ve bugüne kadar bir daha bulunamadı.
Pekin Adamı fosilleri hakkında çeşitli söylentiler var. Bunlardan biri, fosillerin Qing Huangdao limanında Başkan Harrison adlı posta gemisine yüklendikten sonra Pasifik Okyanusu'nda gemiyle birlikte batmış olduğu, diğeri de fosillerin posta gemisiyle Japonlar tarafından ele geçirildikten sonra defalarca el değiştirdiği ve zamanla izlerinin kaybolduğu şeklindedir.
İkinci Dünya Savaşı'ndan sonra ABD birlikleri, Pekin Adamı'nın fosillerini bulmak için Japonya'da geniş aramalar yaptılar, ancak hiçbir ipucuna rastlayamadılar. Zengin bir Amerikalı işadamı, 1972 yılında yüklü bir ödül koyarak fosilleri aramaya başladı, ancak kendisine verilen ipuçlarının hepsi yanlış çıktı. New York'taki bir kadın, 1970 yılında Pekin Adamı fosillerini aramaya gönül veren Harvard Üniversitesi'nden Prof. Christopher'i telefonla arayarak ölen kocasının fosilleri uzun süre elinde bulundurduğunu söyledi. Harvard Üniversitesi uzmanları, bu kadın tarafından verilen fotoğraflarda yer alan fosillerin Pekin Adamı'na ait olduğu sonucuna vardılar. Ancak çok geçmeden bu kadınla bütün bağlantılar kesildi.
1970 yılının sonunda “New York Times”ta bir doktor tarafından verilen ilan yayımlandı. İlanda doktor, Pekin Adamı'nın fosilleri hakkında üç ipucu elde ettiğini belirtiyordu. İlanda fosillerin ya Çin'in Tianjin şehrindeki bir dostunun evinde, ya Fransızlar'ın Tianjin'de kurdukları bir enstitüde, ya da İsviçrelilerin Tianjin'de kurdukları bir bankada saklandığı iddia ediliyordu. Bunun üzerine harekete geçen Tianjin polisi, özel bir ekip oluşturarak bu üç ipucunu araştırdı, ancak bu ipuçlarının sahte olduğu anlaşıldı. “Kültür Devrimi” sırasında elle yazılan “Eski Xiehe Hastanesindeki Dramlar” adlı bir kitapta, Pekin Adamı'nın fosillerinin hiçbir zaman ülke dışına götürülmediği ileri sürüldü. Ancak kitabın yazarı, bulunamadı.
Bundan kısa süre önce, Zhou Guoxing adlı bir Çinli Antropolog, yıllar süren araştırmalardan sonra yeni bir ipucu elde etti. Buna göre, Pearl Harbour olayı öncesinde ABD deniz piyadesi karargahının hemen yanındaki ABD Büyükelçiliği'ne açılan kapıda nöbet tutan bir asker, iki kişinin içinde Pekin Adamı'nın fosillerinin bulunduğunu düşündüğü bir kutuyu ABD Büyükelçiliği'nin arka bahçesine götürüp toprağa gömdüğünü görmüş. Zhou Guoxing, nöbetçinin söz ettiği bu yeri buldu, ancak üzerinde bina olduğu için kazı yapamadı.
Pekin Adamı'nın kayıp fosilleriyle ilgili araştırmalar, bugüne kadar hiçbir sonuç vermedi. Çin'in eski başbakanı Zhou Enlai bu konuda şunları söylemişti: “Pekin Adamı'nın fosilleri, birkaç Çinli tarafından birkaç Amerikalı'ya emanet edilmiş ve Amerikalılar'ın elindeyken kaybolmuştu. Vicdanı olan bilimadamları, bu fosilleri bulmalıdırlar.”